La Certosa di San Martino fu inaugurata durante il regno della regina Giovanna I, nel 1368.
Prende il nome dal santo a cui era dedicata la cappella preesistente nel luogo.
Nel periodo della Controriforma la Certosa subì dei cambiamenti ad opera di Giovanni Antonio Dosio che la arricchì di elementi moderni e curò minuziosamente il Chiostro, costituito da quindici campate e colonne di ordine dorico-toscano. Si occupò inoltre del Chiostro dei Procuratori al centro del quale è posto il pluteale di Felice de Felice.
Successivamente Fanzago impreziosì il Chiostro di elementi barocchi, in particolare le lesene sulle colonne e il piccolo cimitero ornato da teschi.
All’architetto bergamasco vanno inoltre attribuite le statue presenti sulla balaustra e cinque dei sei medaglioni sulle porte angolari del portico, raffiguranti scene di vita di altrettanti santi; tra questi va ricordato il San Gennaro di Domenico Antonio Vaccaro. Nella seconda metà del 600 si iniziarono le decorazioni del Quarto, l’appartamento del priore, che Domenico Gargiulo adornò con pitture paesaggiste.
Circa un secolo dopo Giuseppe Massa si dedicò al pavimento che decorò con motivi di nastri, volute e decoro “a graticcio”.
Nel 1806 i certosini lasciaro il monastero e le opere furono acquisite dallo Stato.